Партийный архив Краснодарского краевого комитета КПСС был создан в соответствии с решением ЦК ВКП(б) от 17 мая 1939 г. «О местных партийных архивах и истпартах».

Организационная деятельность началась летом 1939 года, а первые поступления – 45 тысяч дел, привезенных из Ростовского областного партийного архива, партархив принял осенью 1940 года. Тогда же началось комплектование документами, поступающими из крайкомов, райкомов, горкомов и первичных организаций ВКП(б) и ВЛКСМ края.

На партархив были возложены обязанности по сбору, хранению и обработке архивных документов партийных, комсомольских организаций и политотделов, изучению и разработке архивных материалов по вопросам истории местных парторганизаций. Ввиду многочисленности первичных организаций количество фондов стремительно росло и к осени 1940 года составляло более 1700.

Внезапно грянувшая Великая Отечественная война перечеркнула развитие краевого партийного архива, документы были срочно эвакуированы в глубокий тыл. Перед эвакуацией специальная комиссия крайкома ВКП(б) экстренно провела экспертизу документов и уничтожила, без составления акта, около 65 тысяч дел, признанных не представляющими ценности.

С 28 октября 1941 года по 25 декабря 1943 года краевой партархив находился в городе Уральске Западно-Казахстанской области, а часть фондов была перевезена в город Челкар Актюбинской области.

Первоочередной проблемой после возвращения в январе 1944 года архива в Краснодар стал поиск помещений, пригодных для хранения архивных документов. В период 1940 – 1970-х годов краевой партархив сменил несколько адресов, размещаясь в малоприспособленных для своих специфических нужд строениях.

Эпохальным событием стало проектирование и строительство в конце 1960-х – первой половине 1970-х годов специального архивного здания общей площадью 3,4 тыс. кв. м, с восемью архивохранилищами площадью 2,4 тыс. кв. м, читальным залом на 14 посадочных мест.

Здание архива было рассчитано на хранение 1 миллиона 600 тыс. дел и соответствовало последним техническим требованиям – установкой кондиционирования воздуха в архивохранилищах, лифтом, типовыми металлическими стеллажами, системой пожарной и охранной сигнализации. Таким образом, были созданы оптимальные условия для обеспечения сохранности и научного использования накопленных документальных фондов.

Специфику партархива составляло наличие крупного массива персональной информации: дел по приему в партию, личных кадровых дел номенклатурных работников всех систем, персональных дел коммунистов, протокольных постановлений бюро по персональным и кадровым вопросам, переписки и других материалов.

За период своей деятельности с 1939 по 1991 годы партийный архив Краснодарского крайкома КПСС стал одним из крупнейших партийных архивов в РСФСР. По состоянию на 1 января 1991 г. в нем хранилось 976,3 тысячи ед. хр. в 6366 фондах.

Однако глобальные изменения общественно-политической жизни, произошедшие в стране в 1991 году, неизбежно повлекли за собой реорганизацию всей архивной службы. Указом Президента РСФСР от 24 августа 1991 года «О партийных архивах» партийные архивы всех уровней передавались в ведение архивных органов РСФСР вместе с занимаемыми ими зданиями, сооружениями и штатной численностью. Во исполнение данного Указа Президента 12 сентября 1991 года постановлением главы администрации Краснодарского края на базе партийного архива и занимаемого им здания был создан Центр документации новейшей истории Краснодарского края.